Вроде ошибок ( в работе самой проги ) не замечено.
400 килобайтный файл пишет 5 секунд, читает 1 секуду.
Пользовательскую прогу, слинкованную в ОЗУ вместе со стартапом
в работу запускает, в отличии от родного бутлоадера.
В чем именно пень-колода?
А Ваш способ - отключаетесь от шины, а затем подключаетесь вновь -
это про что?
Сейчас после запуска пользовательской проги USB диск отключается и комп его
не видит. Так как управление передано другой программе.

К тому же мне надо, чтобы после запуска пользовательской
проги USB диск не только работающим остался но и отображался не на флешь а на ОЗУ.

Под луниксом включать не пробовал - но вроде флешка - она и под луниксом флешка.