вы использовали какую-то другую реализацию. Лично я делал по AN10711. Работает, но очень посредственно. Не знаю, может они уже поправили баги, т.к. дело было давно.

По поводу отключения. У меня обслуживание USB - трафика и вообще почти вся работа с USB была сделана по прерываниям. Это позволило крутить в фоновом процессе и в других обработчиках прерываний нужные мне задачи, с Mass Storage напрямую не связанные. Т.е., я говорю вот о чем. У вас изначально дивайс представляется диском и что-то там делает. Потом наступает время, когда нужно запустить пользовательское ПО и представиться диском, но уже с другими параметрами. Вот вы и запускаете это ПО. А чтобы указать машине, что параметры диска изменились, программно отключаете дивайс от шины и программно же подключаете вновь, но на этот раз с намерением сообщить машине уже другие характеристики диска ...