Просто обмен через USB MS класс идет на более низком уровне (секторов), и про файловую систему ничего не знает. С файловой системой разбирается или ОС на ПК или микроконтроллер (кто первый встал, того и тапки). Синхронизация тут по меньшей мере проблематична, хотя бы из-за буферирования FAT в ОС на ПК. Наблюдал подобное фантомное поведение для Mass Storage на других устройствах.