Что значит "FAT изменена" на уровне Mass Storage, оперирующие секторами и блочным устройством? Он не знает типа файловой системы. Какой момент считать изменением файловой системы? Попытка управлять FAT одновременно из двух мест прямой путь ее развалить. Нужно кого-то блокировать. Например доступ к карте блокируется со стороны файловой системы микроконтроллера, пока подключен USB. А событие есть. Отключение-подключение устройства:)