для энкодера есть high speed input (HSI) - конфигурятся как входы быстрых счетчиков или sin/cos формирователь импульсов. еще есть high speed output (HSO) - шим-выходы. назначение аналогично мк-шкам. у вас привод работает не в зоне чувствительности - переведите его в область 0.3-0.7 номинальной скорости и наверняка улучшится управляемость