что мне попадалась, например, плата с AGP, в которой вообще не работают PCI видеокарты. Причем на том же чипсете (i945) но от другого производителя такой эффект не наблюдается. Также были проблемы на каких-то платах с PCIe и интегрированным видео

Насчет "Если мать умеет работать с N штук PCI-платами одновременно, то ничто не мешает этим платам быть всем видеокартами" Вы не правы - видеокарта требует определённых ресурсов, которые не нужны большинству других PCI-устройств. В т.ч. не нужно забывать, что на видеокарте обязательно присутствует свой BIOS, в который должен быть выполнен корректный вход для инициализации железа. И именно с этим, похоже, и бывают основные проблемы.

И не нужно думать, что в МВ и в BIOSах не бывает серьёзных ошибок