В вышеуказанном режиме не работал, так что сразу ответ не дам.

Возможные грабли:
1. Не включено тактирование нужного канала (через PMC).
2. Долго не мог добиться выдачи сигнала на TIOB, пока не установил ненулевое поле EEVT в TC_CMR, даже при том, что не использовал external event.
3. BCR не пользовался (не пробовал), просто сначала запускал ведомый канал (ожидание ведущего), затем запускал ведущий.

Может сначала проверить работу каждого канала по отдельности. Подключить выходы к ножкам, посмотреть форму сигналов на выходах, затем только скоммутировать между собой.