Вот, скажем, LVCMOS, PCI 3.3., LVDS и LVPECL. Все работают при VCCIO=3.3 Вольта, но выдают напряжения разные и с разными токами, стало быть, где-то это программируется. Аналогично у них разные напряжения входные, при которых IOB принимает решение о том, единица это или 0. И это тоже как-то программируется.

Похоже, проблема заключена в том, что внутренние линии, по которым происходит программирование ячеек FPGA (служебные), никак не пересекаются с линиями, по которым происходит передача сигналов между ячейками (юзерские), так что в процессе работы загруженной прошивки никоим образом нельзя с юзерских линий передать информацию на служебные, чтобы запрограммировать IOB.