И тот, и другой работают при одном и том же напряжении питания банка 3.3 Вольт, но LVDS притянут к 1.3В, а LVPECL притянут к 2.0В! Соответственно, уровни H и L у них разные - у LVDS 1.0 и 1.5, а у LVPECL - 1.5 и 2.5 Вольта соответственно.

При этом в том же банке могут быть, например, LVCMOS, LVTTL, PCI и AGP выходы, которые тянут в 0 и в питание соответственно.

Так что выходное напряжение пина определяется не только напряжением питания, но и стандартом, на который данный пин запрограммирован.