Естественно - каждый подлежащий передаче незакодированный байт должен быть преобразован в два манчестерских байта, которые и надо пихать в SPDR. А FIFO тут не при чем - преобразовал первые пол-байта в М2-байт, запихал его в SPDR, преобразовал оставшиеся пол-байта во второй М2-байт, дождался освобождения SPI и запихал второй М2-байт