1) Надеть на плату железный презерватив, все входы и выходы пропустить через проходные конденсаторы, выдерживающие Ваши помехи. 2) Все сигналы пропустить через резисторы, за которыми диодами шоттки растянуть на +/- питания. Резисторы рассчитать исходя из непревышения тока через диоды шоттки при пике помехи. 3) По питанию, заводимому снаружи поставить жирный трансил, а за ним стабилизатор, который выдерживает по входу то, что останется после трансила.