Ну почему - я модифицирую слегка только родную прошиву avrusb500 (для м16). Сам avrusb500 работает очень достойно, и автор его регулярно обновляет. Посему проблем не будет. А прошива JtagIce - родная. Обновляется прямо из студии.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)