Главное понять откуда лезет помеха и ее характер электрический или магнитный.Может это сифазная помеха по сетевому питанию и достаточно феррита на сетевом шнуте, а может понадобится электростатический экран.Это скорее искусство чем наука.Начните со статей по ссылкам.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)