Пробовал три разные версии Windows Serial Downloader. Сбрасывать мк сбрасывают все, загружать - загружают, после чего мк не входит ни после резета ни после перезапуска в свою только что зашитую программочку.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)