В принципе без разницы. Либо прерывание все время разрешено и для инициировании нового устанавливать флаг, либо манипулировать запретом/разрешением прерывания, но прямо в процедуре прерывания (что не всегда удобно).
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)