На самом деле ПЛИС это таже флеш-память. Если знать язык VHDL, то можно писать программки и не особенно вникать во внутреннее устройство ПЛИС. Компилятор и так знает, потому все будет работать. Не надо боятся!
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)