Если во время работы вашего bootloadera пропадет питание, или случится какая-нибудь ошибка при программировании? В этом случае юзер не сможет оживить ваше устройство иначе, как подключить какой-нибудь программатор. Будете иметь головную боль. Я это проходил.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)