В этих АЦП есть два типа калибровки нуля: внутренняя и системная. Может вы вместо внутренней выполняете системную? И кстати, возможно после калибровки шкалы необходимо заново выполнить калибровку нуля.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)