Есть там функция, кажется называется _low_level_init, она вызывается перед стартапом и возвращает код, по которому стартап либо выполняется, либо сразу управление передается на main. Подробнее смотрите в руководстве.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)