Я с удовольствием пользуюсь и Си и asm. И у меня не было проблем ни с startup.asm (там разбираться собственно не в чем), ни с прерываниями. Возможно, Вам кривой компилятор попался. К счастью, мне - нет.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)