Ответ: Не небудет если все правильно сделаешь! Правда с старых ядрах у Atmel было условие если шьёшь через SPI то в проге не моги его трогать сколько-то тактов (что-то вроде того) иначе смерть и паралельный програматор !
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)