Таймер Windows - жутко непредсказуемая штука, поверьте мне, проверено на практике, специально занимались вопросом плавности вывода графики на экран и пришли к выводу, что лучше, чем привязаться к протоколу ничего нет (именно Com-порт).
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)