Обычно Манчестер гоняют по длинным линиям, а не по макету на столе. А это тебе и джиттер, и плавание частоты, и еще Бог знает что. Имхо, минимум необходима ФАПЧ, возможно, АРУ и проч. Как все это запихнуть в ПЛИС - не представляю
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)