Фронт слишком длинный.Если вход не триггер шмидта то он находясь в активном режиме успевает загенерить.Осцилом должны быть видны вспышки на уровне порога.Частота большая счетчик считать успевает а прога выполняться нет.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)