Ответ: Пауза была сделана для отработки, только и всего. А то, что я в прерывании USART0_TXC сразу пишу 0х25 в UDR0, так эта команда не выставит флага ТХС0 (только после окончания передачи, а это достаточно большое время, около 1мс на скорости 9600 ). В общем скорее всего ошибка действительно в основной программе, но очень не явная. Пошел искать. Всем спасибо.
(«Телесистемы»: «Конференция «Микроконтроллеры и их применение»»)