Если делать в background, то страшного быть не должно (если прерывание написано как реентерабельная процедура), а если в прерывании, то могут быть трудноуловимые (или наоборот, легкоуловимые ;О) глюки
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)