Самый главный вопрос по поводу необходимости сброса через Reset - нет ли в AVR скрытых состояний, которые сбрасываются Reset, но недоступных для программного сброса? Так что, если reset - это реакция на непонятную ошибку - тогда аппаратный сброс определенно лучше.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)