Опишите, что хочется получить от всех этих действий. Если нужно просто отключить выход ШИМ без нарушения работы таймера, то в AVR проще всего переключить состояние вывода на вход. Если схемотехника правильная, то все отключится, в противном случае Вас ждут сюрпризы при сбросе микроконтроллера. Обязательно нужен резистор подтяжки к 0 или питанию для ответственного применения.
При изменении OCR в режимах PWM, новое значение начинает действовать только после полного цикла.Если нужно мгновенное принятие нового значения OCR, то правильно выбирайте моду ШИМ.