ИМХО 1. Со штатным бутлоадером скорее всего нельзя (Откуда бутлоадер знает что это внешний юсб контролер, а не атомная бомба?) 2. Если можно заменить бутлоадер на свой то можно шить хоть через вайфай. 3. Скорее всего можно прийти к компромису: бутлоадер оставить в покое, но в вашей программе предусмотреть модификацию кода через ваш юсб контроллер.