В программе к Вашему программатору должна быть установка битов кофигурации контроллера(fuses), а именно Clocking Options Select, для внешнего кварца эта установка 1010(bin), но подробнее на www.atmel.com , в разделе микроконтроллеры, AVR 8-bit RISC, DataSheets есть ATMega163 (doc1142.pdf ) на 173 страницы, так вот на 5-ой в табл.1 Вы найдете все что нужно, ну а если используете инной программатор, то чуть ниже где-т на 143 стр. Вы найдете как их запрограммировать "вручную". Удачи
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)