Перечитайте внимательно даташит на применяемый Вами dc-dc. Обратите внимание на рекомендации по выбору входных и выходных конденсаторов. У "больших электролитов", как правило, большое эквивалентное последовательное сопротивление(ESR) на высоких частотах. Общие рекомендации - применять керамику, или специальные электролиты, с низкими значениями ESR.