<i>в какой момент переносить таблицу прерываний, допустим вход в бутлодер у меня по
определtнной команде по i2c? те срабатывает прерывание по i2c и тм видим что надо идти в бутлодер,
там (в прерывании ) и меняем таблицу или как то по другому ?</i>
Можно, думаю, и так. Меняем таблицу, подчищаем какие-то хвосты (типа выключить что-нть) и GOTO в бутлодер.
<i>Почему у вас первая команда в бутлодере nop ?</i>
Не помню. Вроде в каком-то дизассемблере видел, что 0xFF интерпретируется SBRS или что-то такое. И решил "подуть на воду".

Стратегия в том примере - бутлодер минимального размера. По-этому, он только интерпретатор минимально необходимого набора команд и транслятор данных. Весь ум - на стороне ПК. А так- возможны любые варианты (ссылка).