Нельзя ИС из старой партии поставить? Для пробы.(домысел: Что бы удешевить ИС, площадь кристалла стараются ужать, соответственно в новой партии может возрасти быстродействие входных каскадов и по тактовому входу иголки могут начать восприниматься как полезный сигнал.) попробовать параллельно входам поставить ёмкости порядка сотни пФ? или последовательно в сигнальные линии резисторы эдак 50 Ом? притупить переколебания на ножках ИС. Может источник сигнала стал более крутые фронты давать , если другой тип МК взят? Звон конечно усилился.
А осциллографом это не увидишь - он внесёт ёмкость своего щупа и картинка изменится...
Одно кажется очевидным - проблема не с 400 кГц, а с фронтами импульсов, а это десятки нс. Кстати можно попробовать по питанию ёмкость прямо на корпус ИС напаять.