Квартус или максплюс неиспользуемые IO ноги назначат на выход. Если и контроллерная нога выход, а не вход - получишь конфликт. Так что лучше явно сказать квартусу-максплюсу, что бы ты хотел в отношении этой ноги. Или смотри файл с расширением .pin. Там все написано, в частности если неиспользуемая нога там must be left unconnected, то она выход:-). Если же плисовая нога не IO, а Input, то цеплять ее надо либо к выходу контроллера, либо ставить подтяжку, чтоб она в воздухе не болталась. Ж-)