Если нога настроена на выход - управление ногой осуществляется
- либо как портом (тогда состояние ноги = состоянию регистра PORT)
- либо другой переферией (альтернатива), н-р, таймером (тогда состояние регистра PORT никакого отношения к состоянию ноги не имеет - не используется).

Менять состояние PIN - вообще дикость. Там нет никакого регистра - некуда писать. Там только буфер, позволяющий прочитать реальное состояние ноги.

В данном случае менять состояние ноги можно только средствами таймера.

Не совсем понимаю зачем нужна такая постановка задачи ?
"выставлять по сравнению (без прерывания бы) и сбрасывать в переполнении" - это обычная работа "быстрого ШИМа"