1.На первом выводе разъема по сигналу DATA некоторое время выдерживается единица (клок в это время идет). Интерфейс PDI в контроллере активируется. НО, затем по DATA должна быть попытка посылки команды от программатора, начинающаяся с нулевого стартового бита. Она видна?
2. Похоже, в схеме программатора DD2 отвечает за прием от МК информации в режиме PDI. DD3- в режиме ISP.
Если программатор включает микросхемы DD2/DD3 только на момент приема информации, то активность на 8 выв AT90USB162 покажет, что программируемый контроллер отвечает.

То есть локализовать проблему: программатор передает что-то не то/ контроллер его не понимает/контроллер не отвечает/ответ не доходит/ программатор не понимает ответ/