для вложенных прерываний, если приоритет ниже ожидаемого и длинный код данного обработчика прерывания может нарушить работу прерывания (события) с высоким приоритетом. как сказал nestandart, количество тактов очень мало - или повышать частоту кварца, или снижать частоту обработки прерывания от таймера, или делать пароцесс синхронным - в более частом прерывании ощупывать флаги готовности прерываний периферии, запретив от нее прерывания изначально