1) формально ошибка. Это значит что при каждой последущей перенастройке таймера обязательно нужно запрещать прерывания? (никогда так не делал но видимо так надежнее)

2) вот почему я так делаю: При записи в разряд
FOCnx лог. 1, состояние вывода OCnx изменяется в соответствии с установками разрядов COMn1x:COMn0x регистра TCCRnA. Прерывание при этом не генерируется и сброс таймера (в режиме CTC) не производится. Эта функция доступна только в тех режимах, которые не используются для генерации сигнала с ШИМ. (Евстифеев А. В. "Микроконтроллеры AVR ...", то же указано в даташите)

3) :) Это заклинание для победы над vmlab))) он если так не делать так и оставит пины порта в подвешенном состоянии (1/2 VDD)