Полоса пропускания аналогового ключа должна перекрывать эти 38.5 кГц. И всё. Т.е. выше 40 кГц АЦП имеет право резать. О каком 1 МГц идёт речь ?. Можно и на 1 ГГц аналоговый канал соорудить, но это ничего (кроме стоимости) не изменит. Для дифференциального включения АЦП вообще "Input Bandwidth 4kHz".
Я не понял, что вы имели в виду : "можно упереться в необходимость предварительного усиления на ОУ перед мультиплексором".
А десятки пф (надо считать частоту среза) скорее всего вам даже помогут. т.к. ещё раз повторю НЕЛЬЗЯ давать на АЦП не отрезав всё выше 38 кГц - ниаче получите мусор.