Во первых, флэша затирает блоками. Вероятно инфа в один блок попадает. Вероятно есть команда полного затирания флэши. Посмотри генерируемый ХЕКС. Там указываются адреса зон которые меняются(учитывай, что затирается блоками). Если там присутствует твой сегмент - разбирайся с компиллером.