в памяти программ (чтоб RAM зря не палить) организуешь таблицу, в кот. указываешь, какому каналу какой адрес RAM соответствует. Эта же таблица (автоматически!) определяет последовательность каналов. В прерывании АЦП перебираешь (по одному за раз!) элементы этой таблицы. Гибкость+простота - круче не бывает, сам так всё время делаю.