Поскольку речь идет о make-файле, предполагается что нужно не "тупое" копирование, а создание правила, которое обновляет файлы в целевой директории.
# исходная и целевая директории
SRC_DIR = ./src
DST_DIR = ./dst/src
#переопределение команд что б не конфликтовали с системными в cygwin
FIND = "/bin/find"
MKDIR= "/bin/mkdir"
CP = "/bin/cp"
#список расширений файлов
EXT_LIST = jpg bmp
space:= $(empty) $(empty)
SRC_FILES := $(abspath $(shell $(FIND) $(SRC_DIR) -iregex '.*[.]\($(subst $(space),''\|'',$(EXT_LIST))\)'))
DST_FILES := $(patsubst $(abspath $(SRC_DIR))%,$(abspath $(DST_DIR))%,$(SRC_FILES))
all: $(DST_DIR) $(DST_FILES)
$(DST_DIR):
@echo creating target directory
@$(MKDIR) -p $(DST_DIR)
$(abspath $(DST_DIR))% : $(abspath $(SRC_DIR))%
@echo copy: $< ='>' $@
@$(MKDIR) -p $(@D)
@$(CP) $< $@