Соответственно по получении запроса от PCI на чтение мост переводит его в последовательный пакет и посылает дальше. Пока ответ не придет, мост рвет транзакцию, чтобы не занимать PCI шину. Дальше со стороны PCIe в мост приходит пакет с данными (и хорошо, если угадали с размером), а со стороны PCI - повторный запрос (и хорошо, если не слишком рано).

Что делать - читать доки на чипсет, смотреть как можно исправить ситуацию.
Проверить, всегда ли ответ приходит на второй раз. Если иногда бывает на третий - добавить в устройство паузу перед перезапросом.
Попробовать перейти на 66 МГц.
Переходить на PCIe, возможно подобрав мост, который не ставит STOP в ожидании.

А вообще на этих новомодных шинах запись работает намного эффективнее, чем чтение. Как-то попробовали работать с PCI устройством через мост с PCIe - скорость чтения портов на плате упала раза в два.