Константа AT91C_ID_PIOA - не что иное, как номер бита (начиная с 0).
Выражение SCON = 0x40; тоже можно переписать как:

#define SOME_BIT_NUM 6

SCON = (1<<SOME_BIT_NUM);

Чтобы понять, чему равно AT91C_ID_PIOA надо раскопать
всё это выражение из дефайнов и макросов:
#define AT91C_BASE_PIOA (AT91_CAST(AT91PS_PIO) 0xFFFFF400) // (PIOA) Base Address

На мой взгляд, не очень удачное определение.
Кроме того, похоже что применяется преобразование типов "AT91_CAST".
Возможно даже легче посмотреть по докам на процессор, какой
бит регистра используется.
Или узнать это на этапе выполнения.
Или дебаггером.
Зависит от того, как тебе удобней.