Для того чтобы раскрасить исключительно пады в редакторе PCB Альтиума можно попробовать сделать так: в настройках системы положить сверху слоя слой пасты (не солдера а пасты)Раскрасить его можно как угодно. Никаких побочных эффектов и прочего в работе я не заметил
http://img441.imageshack.us/img441/7306/29640845.jpg

Со слоями сложнее: нужно в Manage Layer Sets/Board Layer Sets
http://img214.imageshack.us/img214/4497/42822419.jpg
Создать наборчики слоев между которыми ты будешь переключаться
http://img31.imageshack.us/img31/6194/62192129.jpg
Для быстрого переключения можно пользоваться кнопочкой "LS" внизу слева
http://img266.imageshack.us/img266/1956/88558619.jpg
Ну естественно можно назначить горячие клавиши для переключения слоев:
http://img825.imageshack.us/img825/1559/23417112.jpg

Таким макаром я вчера переключал наборы слоев кнопками 1 и ё. Вроде нормально.