Ответ: нифига я не спец! Но попробую подсказать: для того чтобы раскрасить пады нужно включить директ икс и из панели PCB дать цвет цепи, пады которой автоматом перекрасятся. С переключением слоев есть траблы, жалуются люди многие, но можно попробовать настроить слои, а потом записать эту конфигурацию , так ведь етсь такая возможность. Переключаться между конфигурациями быстро тоже можно наверное.