Диск пытается их прочитать и не может, поэтому идет в начальную позицию - паркуется. Отсюда периодический стук. Дефектный сектор при этом у новых дисков заменяется на тот, что в неразмеченной области, но запас там небольшой. Тысяч пять, а то и меньше. В любом случае диск может в любой момент рухнуть, так что не теряй времени.