Сейчас так:

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
MAIN.CPP:

#include "sys.hpp"

Csys sysA;

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[])
{
    sysA.inputs_handler();
}

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
SYS.CPP

#include "sys.hpp"
#include "stdafx.h"

/////////////
Csys::Csys()
{
}

/////////////
void Csys::inputs_handler( void )
{
    fltr1.read_input( true );
}

/////////////
void Csys::out_func( void )
{
}

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
SYS.HPP

#ifndef SYS_HPP
#define SYS_HPP

#include "fltr.hpp"

/////////////
class Csys
{
    private:
    public:
        Csys();
        Cfltr fltr1;
        void inputs_handler( void );
        void out_func( void );
};

#endif

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
FLTR.CPP
#include "fltr.hpp"
#include "stdafx.h"

/////////////
Cfltr::Cfltr()
{
}

/////////////
void Cfltr::set_callback_func_ptr( void )
{
    callback_func_ptr = Csys::out_func;
}

/////////////
void Cfltr::read_input( bool in_state )
{
}

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
FLTR.HPP
#ifndef FLTR_HPP
#define FLTR_HPP

class Csys; // predefinition

///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
class Cfltr
{
    private:
    public:
        Cfltr();
        void (Csys::*callback_func_ptr)();
        void set_callback_func_ptr();
        void read_input( bool in_state );
};

#endif

Можно ли Вас попросить просто нарисовать без обьяснений следующее:
вызывается
sysA.inputs_handler();
который вызывает sysA.fltr1.read_input();
и тот в свою очередь вызывает sysA.out_func();