У тебя же частоты низкие, тут однозначно надо применять ОУ с автокоррекцией смещения. Но самое сложное будет - термо-ЭДС (каждый контакт надо просчитывать), при единицах мкВ иногда даже от пайки отказываются, делают все из чистой меди. Кроме того, шумы и наводки сильно попортят жизнь.
Есть техники модулирования сигнала для исключения влияния термо-ЭДС контактов и смещений ОУ - усиливается переменный сигнал. Раньше модулировали даже механически - тупо переключали полярность входного сигнала с помощью реле.
Еще в низкоомных шунтах есть такая бяка, как нелинейность сопротивления. Не знаю, с чем связано, но встречал такой параметр у Vishay.