Отвекаясь от энкодера - не должно быть сбоя при измерении микрон. Что-то типа ЛИР-15 используете? Я их использую с разрешением 0,5 мкн. Если в силу глюк конструкии доспустимы какие-то вспелкски выше названных 50 кГц - нахрен такую схему измерения. Фиксация сбоя ничего не даст, т.к. нет информации что-то это такое и как на него реагировать.